13րդ դարում, կաթողիկեները բնակություն հաստատեցին այն տարածքում, որտեղ ներկայումս կառուցված է եկեղեցին, իսկ 1240թ․-ին Դոմինիկյան Միաբանությունը այս տարածքում վանք հիմնադրեց: 1328 թվականին Թբիլիսիում հիմնվեց Եպիսկոպոսական Աթոռ և կառուցվեց Մայր Տաճար եկեղեցի, որը նվիրվեց Սուրբ Հովհաննես Մկրտչին: 16րդ դարում Կաթողիկե երկրպագությունը այստեղ ընդհատվեց: 17րդ դարի ընթացքում կաթողիկե միսիոներները վերադարձան Վրաստան և կառուցեցին Ավետմանը նվիրված նոր եկեղեցի (այսպես կոչված ՝ «լատինական եկեղեցի կաթողիկէ փողոցում»): Հետագայում Թեյմուրազ թագավորը ևս մեկ անգամ զրկեց կաթողիկեներին այս տարածքում երկրպագություններ կազմակերպելու հնարավորությունից:
Ներկայիս Մայր տաճարը նախագծվել է Ֆրիար Ֆիլիպո Ֆորանյանի կողմից և կառուցվել է նախորդ Ավետման եկեղեցուն մոտ գտնվող տարածքում (1805-1808): 1884թ․-ին Հայր Դմիտրի Թումանիշվիլին շենքն ավելի է կատարելագործել եւ գեղեցկացրել: 1998թ․-ից 1999 թվականը Մայր Տաճարը հիմնովին վերանորոգվել է Լատինական Եկեղեցու Առաքելական Ադմինիստրատոր Ջուզեպե Պազոտոյի առաջնորդությամբ եւ ճարտարապետ Ա. Սոլոմնիշվիլիի վերահսկողությամբ: Վերականգնման ավարտին եկեղեցին վերանվանվեց ի պատիվ Մարիամ Աստվածածնի Վերափոխման: Այսօր շենքում ներկայացված են բարոկկո և նեոգոթական ճարտարապետության տարրեր, իսկ խորանի հատվածը զարդարված է ժամանակակից որմնանկարներով (1999 — 2000):
Բացի Մայր Տաճարից Թբիլիսիում է տեղակայված նաև «Սուրբ Պետրոս և Պողոս » կաթողիկե եկեղեցին: